我校发酵工程学科始建于1958年，于1984年获得硕士学位授予权（第二批），1993年获得博士学位授予权，是国内最早的三个发酵工程博士点之一。发酵工程学科先后4次被评为原轻工业部和天津市重点学科，2007获国家重点学科。所属“轻工技术与工程”一级学科具有博士学位授予权和一级学科博士后科研流动站。拥有代谢控制发酵技术国家地方联合工程实验室、教育部食品生物技术工程研究中心、工业发酵微生物教育部重点实验室、天津市工业微生物重点实验室、天津市氨基酸高效绿色制造工程实验室、天津市发酵行业技术中心、科技部工业微生物菌种资源标准化整理及国家自然科技资源共享平台，是工业酶国家工程实验室组建单位之一，同时拥有劳动和社会保障部酿酒行业和氨基酸行业两个职业技能鉴定站，强劲的学科优势为专业建设和教学水平的提高奠定了坚实的基础。自1984年以来，本学科共培养了硕士研究生九百余人，博士、博士后一百二十余人，大多成为国内外发酵工程领域的栋梁之材，为我国发酵工程科学技术的进步和生物产业的发展作出了巨大贡献。
发酵工程国家重点学科主要研究方向有生物反应工程、代谢工程、现代酿造技术、生物催化工程和生物制药。近年来，在国家有关部委和天津市的重点投资建设下，科研条件不断改善，科研实力迅速增强，学科影响力持续提升，在承担国家重大科研课题和解决国家、地方及企业实际问题能力方面有所突破。在强化传氧高密度发酵系统、氨基酸代谢控制发酵、酿酒活性干酵母及其应用和甾体激素生物转化、细菌纤维素、生物防腐剂等方向的相关研究达到了国际先进水平，形成了一批具有自主知识产权的标志性成果。
目前，本学科拥有价值5000余万元的各种仪器设备，实验室总面积近6000m2；通过引进与培养，学科现有专职教师及科研人员55人，其中教授26人，教育部新世纪人才2人、国家教学名师1人、国家高层次人才特殊支持计划1人、国务院学位委员会学科评议组轻工技术与工程学科评议组成员1名；同时拥有“生物反应工程”国家级教学团队和“食品安全与营养关键控制技术研究”教育部创新团队，形成了一支知识结构、年龄结构、学历结构和学缘结构相对合理的团队，为学科的发展提供了强有力的支撑。
